Penambatan In Siliko Senyawa Ester Naringenin Sebagai Antidiabetes:

In Silico Docking of Naringenin Ester as an Anti-Diabetic

Abstract

Diabetes melitus merupakan penyakit yang diderita oleh banyak orang di dunia. Banyak obat sintetik yang tersedia untuk pengobatan diabetes melitus. Namun, ada kebutuhan yang mendesak untuk menghasilkan obat antidiabetes yang lebih baik khususnya dari bahan alam. Literatur menunjukkan bahwa flavonoid merupakan metabolit sekunder dari tumbuhan yang berkhasiat sebagai antidiabetes yang baik. Naringenin merupakan flavonoid dari jeruk yang memiliki aktivitas antidiabetes. Senyawa turunan lipofilik dari flavonoid naringenin yang dalam bentuk ester dapat meningkatkan aktivitas antidiabetes dari senyawa induk. Tujuan penelitian ini adalah untuk menentukan aktivitas antidiabetes dari senyawa naringenin dan senyawa ester dari naringenin. Penelitian ini dilakukan dengan penambatan secara in siliko dari molekul senyawa uji naringenin, serta turunan ester dari naringenin dengan penambatan secara in siliko terhadap Phosphoenolpyruvate Carboxykinase (PEPCK) yang diunduh via Protein Data Bank (PDB) dengan kode protein 1KHB. Selanjutnya dilakukan proses penambatan dengan program PLANTS, dan kemudian dilakukan evaluasi nilai energi ikatan hasil proses penambatan. Proses penambatan kembali molekul ligan asli ke dalam molekul kantung ikatan Phosphoenolpyruvate Carboxykinase (PEPCK) diperoleh nilai Root Mean Square Deviation (RMSD) 0,7670 Å. Penambatan molekul senyawa uji senyawa turunan ester dari naringenin menunjukkan aktivitas yang lebih baik dengan nilai energi ikatan yang lebih rendah bila dibandingkan dengan senyawa induk naringenin.

Diabetes mellitus is a disease suffered by many around the world. There are many available synthetic medications for diabetes mellitus treatment. However, there are urgent needs to produce a better anti-diabetic especially from natural sources. Previous studiesindicated that flavonoid is asecondary metabolite from plants which has good anti-diabetic function. Naringenin is a flavonoid from orange which has anti-diabetic activity. The lipophilic derivative compound of naringenin flavonoid in ester form can increase the anti-diabetic activity from the parent compound. This research objectives were to determine the anti-diabetic activity of naringenin compounds and its ester compounds. This research was conducted using in silico docking ofcompound molecule of naringenin and also the ester derivation from naringenin with in silico docking to PhosphoenolpyruvateCarboxykinase (PEPCK) downloaded via Protein Data Bank (PDB) using 1 KHB protein code. Furthermore, docking process was conducted using PLANTS program, and also the bond energy value evaluation of the docking process. The ligand molecule docked in bag of bonds molecule (PhosphoenolpyruvateCarboxykinase (PEPCK) and the Root Mean Square Derivation (RMSD) with the value of 0.7670 Å was obtained. The naringenin ester derivation docking test indicated a better activity with a lower bond energy value than the naringenin parent compound.